أُنشئت مؤسسة الدراسات الفلسطينية في بيروت سنة 1963 كمؤسسة بحثية مستقلة غير ربحية، وغير تابعة لأي منظمة سياسية أو حكومة. وقد أتى تأسيس المؤسسة، وكانت الأولى من نوعها في العالم العربي، في الوقت الذي كانت القضية الفلسطينية تسترجع مكانتها المركزية في السياسات العربية، وكانت الهوية الفلسطينية تستعيد حيويتها؛ فسعى في حينه ثلاثة من المثقفين العرب، وهم قسطنطين زريق (سورية)، ووليد الخالدي، وبرهان الدجاني (فلسطين)، لإيجاد سبل لمواجهة التحدي الناجم عن قيام دولة إسرائيل على القسم الأكبر من أرض فلسطين، وطرد سكانها، واستمرار نكبتهم، والتهديد المتزايد الذي تشكله إسرائيل على العالم العربي. واعتبر هؤلاء المثقفون أن دورهم النوعي يتعلق بمجال المعرفة والقيم، في بيئة عالمية احتكرت فيها إسرائيل وأنصارها الرواية الإسرائيلية – الفلسطينية، ورأوا أنه من الضروري الشروع في جهد جماعي متواصل من شأنه أن يحفظ ويطور وينشر سرداً دقيقاً للصراع ابتداءً من نشأته في القرن التاسع عشر، ويقدّم حجة قوية تؤكد الحقوق التاريخية الفلسطينية.
وأدت رؤيتهم، التي أيدها بحماسة ثمانية من المفكرين والشخصيات العامة اللبنانية والفلسطينية، إلى تأسيس مؤسسة الدراسات الفلسطينية التي مرّت منذ إنشائها بعدة مراحل من التطور، بعضها بدأته بنفسها، والبعض الآخر أتى رداً على التحديات التي كانت تفرضها الأحداث السياسية الكبرى في فلسطين وفي المنطقة.